वायु मार्ग – जौनपुर शहर का निकटतम एयरपोर्ट वाराणसी का लाल बहादुर शास्त्री एअरपोर्ट (बाबतपुर एयरपोर्ट) है, जो यहां से 35 किलोमीटर की दूरी पर है। एअरपोर्ट, राष्ट्रीय राजमार्ग संख्या 56 पर है और यात्रा में औसतन 45 मिनट का समय लगता है।
रेल मार्ग – जौनपुर में  2 मुख्य रेलवे स्टेशन हैं, 1. जौनपुर जंक्शन, 2. जौनपुर सिटी स्टेशन। जौनपुर का रेलवे स्टेशन लखनऊ वाराणसी और दीन दयाल उपाध्याय रेललाइन पर पड़ता है। गंगा यमुना एक्सप्रेस, वरुणा एक्सप्रेस और श्रमजीवी एक्सप्रेस, सद्भावना एक्सप्रेस, और गोदान एक्सप्रेस जौनपुर को अनेक शहरों से जोड़ती है।
सड़क मार्ग – जौनपुर शहर आसपास के अनेक शहरों से सड़क मार्ग से जुड़ा हुआ है। वाराणसी, इलाहाबाद, फ़ैज़ाबाद, अयोध्या, अकबरपुर लखनऊ, गोरखपुर, आजमगढ़, सुल्तानपुर ,पडरौना शहरों से जौनपुर के लिए नियमित बस सेवाएं उपलब्ध है।